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ahpcc_slurmjob_watcher

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ahpcc_slurmjob_watcher [2019/11/04 02:03]
trr007
ahpcc_slurmjob_watcher [2019/11/04 23:24]
trr007
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 </​code>​ </​code>​
  
-Here are some real-world examples of how to use this script (assuming the above-mentioned alias is set): +Here are some real-world examples of how to use this script (assuming the above-mentioned alias is set), including some example output
  
 Display the above help page only:  Display the above help page only: 
   sjob -h   sjob -h
  
-Display all your jobs-- including those running and queued (both options ​equivalent; ​it'​s ​the infinity symbol):+Display ​standard information for all your jobs-- including those running and queued (each option ​equivalent; ​first two are the infinity symbol):
   sjob oo   sjob oo
   sjob 00   sjob 00
   sjob all   sjob all
 +  ​
 +  =============================================================================================================
 +   # ​      ​JOBID ​  ​PARTITION ​ NODES  CPUS    HEAD_NODE ​   TIME_LIMIT ​           ELAP_TIME ​   JOB_NAME ​ WORK_DIR
 +  -------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 +   ​1 ​       6310       ​condo ​     1    16        c1310      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory1/​
 +   ​2 ​       6311       ​condo ​     1    16        c1310      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory2/​
 +   ​3 ​       6312       ​condo ​     1    16        c1311      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory3/​
 +   ​4 ​       6313       ​condo ​     1    16        c1311      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory4/​
 +   ​5 ​       6314       ​condo ​     1    16        c1312      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory5/​
 +   ​6 ​       6315       ​condo ​     1    16        c1312      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory6/​
 +  =============================================================================================================
 +   # ​      ​JOBID ​  ​PARTITION ​ NODES  CPUS   ​SCHEDNODES ​   TIME_LIMIT ​      ​EST_START_TIME ​   JOB_NAME ​ WORK_DIR
 +  -------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 +   ​1 ​       6323       ​condo ​     1    16       ​(null) ​     12:​00:​00 ​                 N/A     ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory7/​
 +   ​2 ​       6324       ​condo ​     1    16       ​(null) ​     12:​00:​00 ​                 N/A     ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory8/​
 +   ​3 ​       6325       ​condo ​     1    16       ​(null) ​     12:​00:​00 ​                 N/A     ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory9/​
 +  =============================================================================================================
  
-Display only the job with $SLURM_JOBID=1667: ​ 
-  sjob -j 1667 
  
-Display information for all running jobs and only the first 10 queued jobs:  + 
-  sjob 10+Display ​standard ​information for all running jobs and only the first queued jobs:  
 +  sjob 
 +  ============================================================================================================= 
 +   # ​      ​JOBID ​  ​PARTITION ​ NODES  CPUS    HEAD_NODE ​   TIME_LIMIT ​           ELAP_TIME ​   JOB_NAME ​ WORK_DIR 
 +  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
 +   ​1 ​       6310       ​condo ​     1    16        c1310      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory1/​ 
 +   ​2 ​       6311       ​condo ​     1    16        c1310      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory2/​ 
 +   ​3 ​       6312       ​condo ​     1    16        c1311      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory3/​ 
 +   ​4 ​       6313       ​condo ​     1    16        c1311      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory4/​ 
 +   ​5 ​       6314       ​condo ​     1    16        c1312      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory5/​ 
 +   ​6 ​       6315       ​condo ​     1    16        c1312      12:​00:​00 ​                ​0:​06 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory6/​ 
 +  ============================================================================================================= 
 +   # ​      ​JOBID ​  ​PARTITION ​ NODES  CPUS   ​SCHEDNODES ​   TIME_LIMIT ​      ​EST_START_TIME ​   JOB_NAME ​ WORK_DIR 
 +  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
 +   ​1 ​       6323       ​condo ​     1    16       ​(null) ​     12:​00:​00 ​                 N/A     ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory7/​ 
 +   ​2 ​       6324       ​condo ​     1    16       ​(null) ​     12:​00:​00 ​                 N/A     ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory8/​ 
 +  ============================================================================================================= 
 +   
 + 
 +Display extra, "​verbose"​ information only for job with $SLURM_JOBID=6314:​  
 +  sjob -v -j 6314 
 +  ======================================================================================================================================== 
 +   # ​      ​JOBID ​  ​PARTITION ​ NODES  CPUS    NODE_LIST ​ CPU_1m ​ CPU_15m ​   TIME_LIMIT ​           ELAP_TIME ​   JOB_NAME ​ WORK_DIR / COMMENT 
 +  ---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 
 +   ​5 ​       6314       ​condo ​     1    16        c1312   ​14.06 ​    ​1.22 ​     12:​00:​00 ​                ​0:​36 ​    ​GROMACS ​ /​my/​example/​job/​directory5/​ 
 +                                                                                                                                  20400       10.20000 
 +   
 +  ======================================================================================================================================== 
 +The extra output obtained by a "​-v"​ flag is dependent on the "​JOB_NAME"​ that the script finds. Admittedly, understanding the extra information often requires some familiarity the program in use. For example, in these GROMACS jobs, the verbose information includes the simulation step number and simulation time, respectively. Each program will have its own verbose output. 
 + 
 + 
 +Display only the job with $SLURM_JOBID=6314:​  
 +  sjob -j 6314 
  
 Display extra, "​verbose"​ information for all running jobs:  Display extra, "​verbose"​ information for all running jobs: 
   sjob -v   sjob -v
  
-Display extra, "​verbose"​ information only for job with $SLURM_JOBID=1667: ​ 
-  sjob -j 1667 -v 
ahpcc_slurmjob_watcher.txt · Last modified: 2019/11/04 23:24 by trr007